I cannot speak for NABCEP either, but if I understand the intent of the building official, he or she is seeking a level of assurance of the design submittal. I think that would be a misapplication of the concept of NABCEP.  NABCEP allows those who have passed the exams to use the NABCEP logo in various ways. But it is not used to certify anything other than that the holder has passed an exam that tests core competencies necessary to correctly install the technology. It is not a substitute for a PE stamp, and obviously even a PE stamp is no guarantee of a flawless design.